Ndërtimi dhe fuqizimi i institucioneve, i strukturave administrative dhe përafrimi i legjislacionit sipas kapitujve 11,12 dhe 13 të acquis të BE dhe zbatimi i tij nga institucionet përkatëse implementuese.

Në optikën e sfidës së integrimit për Ministrinë e Bujqësisë, Zhviollimit Rural dhe Administrimit të Ujrave janë ndërtimi dhe fuqizimi i institucioneve, i strukturave administrative dhe përafrimi i legjislacionit sipas kapitujve 11,12 dhe 13 të acquis të BE dhe zbatimi i tij nga institucionet përkatëse implementuese. Për përafrimin e politikës sonë bujqësore me Politikën e Përbashkët Bujqësore të BE paraqiten një numër rregullash detyruese në terma afatshkurtër, afat-mesëm dhe afatgjatë.

Ndër sfidat e sipërmendura përfshihen ngritja e  sistemeve të menaxhimit të decentralizuar të fondeve për Zhvillimin Rural,  si dhe të kapaciteteve për zbatimin e veprimtarive të zhvillimit rural.

Agjencia e Zhvillimit Bujqësor dhe Rural (AZHBR), si pjesë e sistemit të decentralizuar, është institucion i ngritur për implementimin e fondeve të BE për Zhvillimin Rural. Fuqizimi i agjencisë dhe përgatitja për marrjen e kompetencave për dhënje subvencionesh për fermerët dhe agro-bizneset shqiptare nga fondet evropiane është një nga sfidat kryesore të MBRZHAU dhe stafit të Agjencisë.

Autoriteti Kombëtar i Ushqimit (AKU) është institucioni monitorues i politikave dhe legjislacionit në fushën e sigurisë ushqimore, veterinare dhe fitosanitare. Synimi i ngritjes së këtij institucioni është  që të sigurojë garantimin e kryerjes se inspektimit dhe kontrollit në fushat e sipërpërmendura duke përfshirë edhe kapacitetet e mjaftueshme laboratorike së bashku me Institutin e Sigurisë Ushqimore dhe Veterinarisë si Institucion Qendror reference.

Në këtë kuptim, fuqizimi i trupave teknikë si shërbimi veterinar dhe fitosanitar është një must për kontrollin e përmbushjes së standardeve minimum të detyrueshme për aplikime të suksesshme në skemat mbështetëse Evropiane të Zhvillimit  Rural . Për më shumë, ndërtimi i një sistemi të shërbimit ekstensiv dhe të transferimit të teknologjive të suksesshëm, është kusht për një përfshirje të gjerë të fermerëve shqiptar në skemat mbështetëse.

Ngritja e Sistemit të Kontrollit dhe Administrimit të Integruar të fondeve të BE, kërkon një koordinim të të punës me institucione te tjera të shtetit shqiptar përgjegjës për licencime dhe çertifikime, dhënie titujsh pronësie etj. si dhe harmonizimin e database përkatëse. Ngritja e këtij sistemi të integruar është kondicion parësor në suksesin e aksesit në skema mbështetëse, dhe do të bëjë të mundur krijimin e llogarive të fermerëve ose të quajturin Farm Accountancy Data Network. Me shumë rëndësi aksesi në kreditim dhe garantimi i kredive rurale .

Fushat ku punohet për përputhje legjislacioni janë: zhvillimi rural, bujqësia e blegtoria, dhe peshkimi, produktet subjekt i organizimit të tregut, produktet vendase me origjinë të mbrojtur dhe ato me origjinë të kontrolluar, çështjet e tokës dhe pronësisë mbi të, krijimi rregjistrave dhe mirëmbajtja e tyre, inputet bujqësore, infrastruktura e kullimit dhe ujitjes, shëndeti dhe mirëqënja e kafshëve, siguria ushqimore dhe shëndeti i bimëve për zbatimin e parimit “nga ferma në tavolinë” . Për gjithë sa përmendëm Ministria është përgjegjësi kryesor.

Sektori i Bujqësisë është mbështetur fuqishëm nga instrumenti i BE për para-anëtarësim në Bashkimin Evropian nëpërmjet fondeve IPA. Synimi i kësaj mbështetje është dhe do të vazhdojë te jetë përgatitja institucionale, ligjore e administrative për përmbushjen e detyrimeve për akreditimin e strukturave për marrjen e kompetencave për zbatimin e fondeve IPA dhe IPARD si dhe për fuqizimin e institucioneve implementuese për zbatimin e ligjit në fushat e saj të kompetencës.

Programi i Qeverisë dhe Strategjitë Kombëtare, sektoriale dhe ndër-sektoriale, Plani Kombëtar për Zbatimin e Marrëveshjes së Stabilizim Asocimit (PKZMSA), Partneriteti Evropian dhe rekomandimet në Raport Progreset e Komisionit Evropian përbëjnë dokumentat kryesore ku  mbështetet puna për integrimin evropian.